Danilo Pianini’s read papers page

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Papers I have already read


R Alves, F Antunes, A Salvador
Tools for kinetic modeling of biochemical networks.
Nature Biotechnology 24(6), 2006
Comment:

Riassume bene e chiaramente le caratteristiche dei vari simulatori stocastici.



Comment:

Viene presentato il modello SCA per la modellazione di sistemi complessi, dicendo che per ora i tool esistenti (e.g. Repast) mancano di un modello ben definito (anche Alchemist sfrutta la cosa). È interessante il supporto che offrono direttamente ai campi computazionali, mentre hanno limiti dovuti alla discretizzazione forzata sia spaziale che temporale. L'ambiente è sostanzialmente una rete di nodi. Non viene detto quale tipo di esecuzione venga effettuata dal motore di simulazione. Bellissimo l'aggancio sul motore 3D via MAX. Decisamente da non sottovalutare.



Matteo Casadei, Mirko Viroli
Applying Self-Organizing Coordination to Emergent Tuple Organization in Distributed Networks
2nd IEEE International Conference on Self-Adaptive and Self-Organizing Systems (SASO'08), 20-24 October 2008
Comment:

Cataloga le proprietà che deve possedere un mezzo di coordinazione per essere definito self-organizing. Sistema le tuple nei vari spazi utilizzando il brood sorting.



Federica Ciocchetta, Andrea Degasperi, Jane Hillston, Muffy Calder
Some Investigations Concerning the CTMC and the ODE Model Derived From Bio-PEPA
Electronic Notes in Theoretical Computer Science 229(1), 2009
Comment:

Sostanzialmente, mi pare che si possa riassumere il tutto in una divisione per "h" delle concentrazioni dei reagenti. Più "h" è piccolo più ci si avvicina al modello ODE, dato che approssima le concentrazioni a numeri continui.



Sarah Cohen, James T. Hamilton, Fred Turner
Computational journalism
Communications of the ACM 54(10), October 2011
Comment:

Si parla dell'importanza crescente degli strumenti software nel processo di produzione dell'informazione. In particolare, vengono evidenziate tre aree in cui allo stato attuale si può ancora molto migliorare: content aggregation, entity extraction e clustering di documenti.



Giuseppe Cardone, Antonio Corradi, Luca Foschini
Cross-Network Opportunistic Collection of Urgent Data in Wireless Sensor Networks
The Computer Journal, 2011
Comment:

Paper molto completo dove si propone una struttura di rete mista fra le WSN, a basse prestazioni, e le MANET, reti spontanee di dispositivi (e.g. smartphones) con prestazioni molto più alte. Il focus dell'articolo è sulla costruzione di una sorta di backbone, una rete spontanea MANET che deve avere la responsabilità di trasportare le informazioni ad alta priorità in maniera tale da riportarle prima possibile nel punto di aggregazione. Si analizzano le prestazioni, impatto sui consumi e overhead. Rispetto al nostro lavoro è più in basso come astrazione, focalizzandosi molto sul routing.



Michael Davis
Will software engineering ever be engineering?
Communications of the ACM 54, November 2011
Comment:

Discute dell'appropriatezza di definire l'ingegnere del software come un ingegnere vero e proprio. Fa diversi esempi di definizione di ingegnere e mostra che l'ingegnere del software non si colloca in alcuna di esse. Chissà cosa ne pensa Antonio Natali?



Tom Geller
Seeing is not enough
Commun. ACM 54(10), 2011
Comment:

Discute dell'esistenza di un progetto, finanziato dal DARPA, in cui si cerca di riconoscere l'attività che gli attori stanno compiendo di fronte ad una telecamera. Non si tratta di un esercizietto di computer vision, dato che il contesto è estremamente vasto. Il sistema dovrà essere capace di riconoscere azioni e situazioni diverse, e capire quali comportano rischi e quali invece no. C'è molto interesse anche per applicazioni non orientate al mondo militare, anche se attualmente DARPA finanzia in ottica bellica.



Comment:

Contiene la descrizione rapida del metodo diretto e del First Reaction, introduce il Next Reaction. Nell'appendice parla anche un po' del metodo diretto ottimizzato. Contiene la descrizione delle strutture dati, e una buona parte matematica.



Li Gong
Java Security Architecture Revisited
ACM Queue 9(9), 2011
Comment:

Ricorda tutta l'evoluzione storica della sicurezza in Java, mostrandone obiettivi e soluzioni.



Samuel Greengard
Living in a digital world
Commun. ACM 54(10), 2011
Comment:

Spiega i downside della vita in un mondo popolato dalle tecnologie. In particolare, spiega perché non mi ricordo mai nulla e ho bruciato la mia memoria a breve termine.



Paul Hyman
Dennis Ritchie, 1941-2011
Commun. ACM 54(12), 2011
Comment:

Articolo in ricordo di una persona che ha dato davvero tanto all'informatica.



Comment:

Descrive un metodo di fattorizzazione delle reazioni molto valido, ma per i nostri scopi problematico: forza il calcolo della propensity delle reazioni nel modo classico (impossibile l'uso di rate equations), forza le reazioni a non avere più di due reagenti (imposizione ereditata da Gillespie, ma che noi rilassiamo), ottimizza molto quando le stesse specie appaiono in molte reazioni come reagenti ma non come prodotti (evento piuttosto raro per noi, dato che modifichiamo i reagenti internamente senza rimuoverli, solitamente). Ottimo lavoro, ma scarsamente utilizzabile per i nostri scopi.



Poul-Henning Kamp
The software industry is the problem
Commun. ACM 54(11), 2011
Comment:

Tratta il problema di dover fidarsi di codice che non è stato scritto interamente da sé stessi. Lettura molto piacevole, termina con la proposta di una legge di tre articoli per assegnare responsabilità a chi dovesse sfruttare il sistema di fiducia per diffondere malware.



Kirk L. Kroeker
Improving brain-computer interfaces
Commun. ACM 54(10), 2011
Comment:

Parla dello stato dell'arte nell'integrazione tra cervello umano e computer.



Comment:

Parla dello stato dell'arte nella costruzione di macchine molecolari, ossia dell'utilizzo di componenti cellulari (DNA, proteine, etc.) per ottenere computazione. Allo stato attuale si riesce a computare la radice quadrata di qualunque numero (fino a 15) e ad arrotondare il risultato all'intero più vicino. Il tutto in 10 ore. Resta un po' in sospeso il fatto di capire quali applicazioni possano esserci per questi sistemi: probabilmente la risoluzione di problemi matematici non sarà particolarmente importante.



Kai Kuikkaniemi, Giulio Jacucci, Marko Turpeinen, Eve Hoggan, Jörg Müller
From Space to Stage: How Interactive Screens Will Change Urban Life
Computer 44(6), June 2011
Comment:

Indicazioni generali sull'uso di display pubblici. Presenta i concetti di stage e di ruolo. Mostra applicazioni pervasive ed enfatizza l'uso sociale dei display. Analizza probabili evoluzioni hardware, si sofferma sulle possibili problematiche d'uso e design di luoghi pervasivi. Mostra esperimenti funzionanti (Napoli, Helsinki). Qualche idea su come ottenere dati per costruire il software che pilota i display (computer vision, cellulari). Scarso rilievo all'analisi di quello che il software deve fare per supportare un ambiente simile. Utile.



Jaron Lanier
The most ancient marketing
Communications of the ACM 54(12), December 2011
Comment:

Bell'articolo sulle analogie fra le strategie di marketing di Apple e le tecniche utilizzate dai santoni indiani per far proseliti.



Paola Lecca, Adaoha E. C. Ihekwaba, Lorenzo Dematté, Corrado Priami
Stochastic simulation of the spatio-temporal dynamics of reaction-diffusion systems: the case for the bicoid gradient
Journal of Integrative Bioinformatics 7(1), 2010
Comment:

Spiega come calcolare i rates per fare la diffusione in maniera più realistica. Tiene in considerazione forma e massa delle molecole, è piuttosto complicato ma dovrebbe essere portabile su Alchemist. Alcuni calcoli di derivata ed integrale non sono completamente sviluppati, quindi c'è da fare un po' di lavoro aggiuntivo per riuscire a tirarne fuori una versione implementabile.



M. Martin, P. Nurmi
A Generic Large Scale Simulator for Ubiquitous Computing
Mobile and Ubiquitous Systems, Annual International Conference on 0, jul 2006
Comment:

Simulatore per ambienti urbani. Poco rilevante per noi, ma fa bello sapere che l'hanno scritto in Java come noi abbiamo fatto con Alchemist. Evidentemente l'uso di quel linguaggio su software performance-oriented è tutt'altro che raro.



Sara Montagna, Mirko Viroli
A computational framework for modelling multicellular biochemistry
2009 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2009), 18-21 May 2009
Comment:

Usano il vecchio simulatore multicompartimento per fare le righe col Drosophila.



Rishiyur S. Nikhil
Abstraction in hardware system design
Commun. ACM 54(10), 2011
Comment:

Spiega come sia possibile (e presenta anche un linguaggio) ridurre un po' il gap fra i linguaggi per lo sviluppo di software e quelli per lo sviluppo di hardware. VHDL e compagnia risalgono agli anni 80, e nel mondo dell'hardware moderno c'è necessità di maggiore parallelizzazione. Viene presentato il linguaggio Bluespec SystemVerilog (BSV).



Bryan O'Sullivan
Making Sense of Revision-control Systems
Communications of the ACM 52(9), September 2009
Comment:

Confronta i sistemi di controllo della versione centralizzati (CVS, SVN) e distribuiti (Git, Mercurial). Evidenzia i casi in cui sono da preferirsi i primi ed i casi in cui sia invece meglio puntare sui secondi. Evidenzia punti di forza e di debolezza di ognuno. Per il tipo di sviluppo che si fa all'interno di una facoltà, un DCVS appare la scelta più ovvia e logica. Git e Mercurial sono molto simili, il primo ha una curva di apprendimento un po' più ripida ed è molto più Unix oriented.



Vitaly Shmatikov
Anonymity is not privacy: technical perspective
Commun. ACM 54(12), 2011
Comment:

Introduce un lavoro fatto sulla sicurezza, riassumendo il fatto che l'anonimizzazione dei dati (tramite, ad esempio, la cancellazione di nome e cognome) è un meccanismo largamente insufficiente alla difesa della privacy.



Alexander Slepoy, Aidan P. Thompson, Steven J. Plimpton
A constant-time kinetic Monte Carlo algorithm for simulation of large biochemical reaction networks
The Journal of Chemical Physics 128(20), 2008
Comment:

Introduzione del metodo composition-rejection per slegare la complessità computazionale dell'algoritmo diretto di Gillespie dal numero di reazioni in gioco. Bellissima idea, peccato che tutto funzioni bene perché vale nei sistemi biologici l'assunzione che le propensity variano fra loro in modo limitato. La dipendenza dal numero delle reazioni viene rilassata forzando però la dipendenza dal divario fra le varie propensity: in un sistema dove ci sono reazioni molto veloci e reazioni molto lente, il numero di gruppi da formare aumenta (logaritmicamente) e conseguentemente peggiorano le prestazioni dell'algoritmo. Nel caso SAPERE, visto che esistono reazioni con semantica ASAP, e quindi con rate markoviano tendente a infinito, l'algoritmo è molto probabilmente peggiore del classico Next Reaction. Inoltre, essendo basato sul metodo diretto di Gillespie non sul First Reaction, impedisce il trattamento semplice di eventi e reazioni con distribuzione di probabilità non esponenziale.



Mirko Viroli, Elena Nardini, Gabriella Castelli, Marco Mamei, Franco Zambonelli
Coordinating Spatially-Situated Pervasive Service Ecosystems
WOA 2011 - XII Workshop Nazionale "Dagli Oggetti agli Agenti", CEUR Workshop Proceedings 741, 4-6 July 2011
Comment:

Me l'hanno fatta presentare a WOA 2011. Solfa SAPERE.



Papers I want to read


Tommaso Di Noia, Eugenio Di Sciascio, Francesco M. Donini
Semantic Matchmaking as Non-Monotonic Reasoning: A Description Logic Approach
Journal of Artificial Intelligence Research 29, 2007






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Multiagent Systems
Intelligenza Artificiale III(1-2), March-June 2006


Franco Zambonelli, Andrea Omicini
Challenges and Research Directions in Agent-Oriented Software Engineering
Autonomous Agents and Multi-Agent Systems 9(3), November 2004


Jose Luis Fernandez-Marquez, Josep Lluis Arcos, Giovanna Di Marzo Serugendo, Mirko Viroli, Sara Montagna
Description and Composition of Bio-Inspired Design Patterns: the Gradient Case
Proceedings of the 3rd Workshop on Bio-Inspired and Self-* Algorithms for Distributed Systems, 14 June 2011


Graham Williamson, Davide Cellai, Simon Dobson, Paddy Nixon
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Agents, Intelligence, and Tools
Artificial Intelligence: An International Perspective, Lecture Notes in Computer Science 5640, 2009


Andrea Omicini, Michele Piunti, Alessandro Ricci, Mirko Viroli
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Artificial Intelligence: An International Perspective, Lecture Notes in Computer Science 5640, 2009


YoungMin Kwon, Gul Agha
Verifying the Evolution of Probability Distributions Governed by a DTMC
IEEE Transactions on Software Engineering 37(1), January 2011


DaniloPianini

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